Những người mà cs cho là thuộc tầng lớp "phản động" đều bị đem ra xử bắn ở giai đoạn hai. Những người như giới trí thức, giáo dân, thương gia và người cho là "tôi mọi cho thực dân", đều bị đem ra bắn bỏ, dọn đường cho việc xây dựng một trật tự xã hội mới. Và khi cs nhận ra rằng họ phải rút lui khỏi Huế, thì giai đoạn thãm sát thứ ba đã được tiến hành một cách nhanh chóng, theo chủ trương "giết không để lại bất cứ dấu vết". Những người bị giết và đem đi dấu xác trong đợt ba này là bất cứ ai, già trẻ trai gái đều phải chết nếu họ lỡ biết danh tính, biết mặt những người việt cộng trong cuộc Tổng tấn công ở Huế. Sau khi cs bỏ chạy ra khỏi Huế, có khoảng 2,800 xác chết được tìm thấy từ những mồ chôn tập thể một cách vội vã, có 4 điạ điểm thảm sát chính được tìm thấy đầy những xác chết như vậy ở Huế. Hầu hết đều bị chết ở tư thế tay bị trói bằng dây điện, miệng bị nhét giẻ, thân thể bị cong queo mặc dù không có một vết thương nào trên người, bằng chứng của việc họ đã bị chôn sống. (2)