Theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Anh Tuấn không có chức năng, nhiệm vụ trong việc điều tra, xử lý vụ án do Cơ quan ANĐT Bộ Công an thụ lý điều tra nhưng đã nhận tiền và hứa giúp chạy án cho một số người bị xử lý hình sự trong vụ "chuyến bay giải cứu".
Với mục đích muốn giúp cho các cá nhân Nguyễn Thị Thanh Hằng (SN 1972), Tổng giám đốc Công ty TNHH Thương mại và du lịch Bầu Trời Xanh và Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Travel Sky và Lê Hồng Sơn (SN 1975), Phó Tổng giám đốc Công ty TNHH Thương mại dịch vụ và Du lịch Bầu trời xanh (Blue Sky) không bị xử lý hình sự, từ tháng 1/2022 đến tháng 12/2022, ông Tuấn nhận lời giúp làm trung gian và nhận tiền từ Nguyễn Thị Thanh Hằng.
Sau đó, ông Tuấn liên hệ, gặp gỡ, tác động, đưa tiền cho Hoàng Văn Hưng (nguyên cán bộ công an) để “lo” cho Nguyễn Thị Thanh Hằng, Lê Hồng Sơn không bị xử lý hình sự. Cơ quan ANĐT kết luận, Hành vi của Nguyễn Anh Tuấn xét về bản chất đã đủ yếu tố cấu thành tội "Môi giới hối lộ".
Kết quả điều tra xác định Nguyễn Anh Tuấn đã nhận từ Nguyễn Thị Thanh Hằng tổng số tiền hơn 2,6 triệu USD. Ông Tuấn khai đã đưa cho Hoàng Văn Hưng hơn 2,2 triệu USD để “lo” cho Hằng và Sơn không bị xử lý hình sự. Số tiền 400.000 USD ông Tuấn sử dụng vào mục đích cá nhân.
Tuy nhiên, căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan ANĐT xác định chỉ có đủ căn cứ kết luận ông Hoàng Văn Hưng nhận 800.000 USD từ Nguyễn Thị Thanh Hằng thông qua Nguyễn Anh Tuấn. Do đó Nguyễn Anh Tuấn phải chịu trách nhiệm đối với số tiền này. Như vậy Nguyễn Anh Tuấn phải chịu trách nhiệm hơn 1,8 triệu USD
Cơ quan ANĐT xác định hành vi của bị can Nguyễn Anh Tuấn phạm vào tội Môi giới hối lộ, với số tiền môi giới hối lộ là 2,65 triệu USD (tương đương gần 62 tỷ đồng). Trong đó, ông Nguyễn Anh Tuấn phải chịu trách nhiệm đối với số tiền 1,85 triệu USD (tương đương gần trên 42,8 tỷ đồng).