Tạp chí sử dụng biểu tượng “Zing news” đặt phía trên cụm từ “Tạp chí Tri thức trực tuyến” không đúng với mẫu giao diện trong hồ sơ đề nghị cấp phép; thay đổi hình thức trình bày trên giao diện trang chủ của chuyên trang Tri thức cuộc sống (thể hiện thông tin “Chuyên trang Tri thức cuộc sống Lifestyle” gồm các chuyên mục Style, Money, Work, Love, Living, Smart Choice) không đúng với mẫu trình bày giao diện trang chủ kèm theo giấy phép, là không thực hiện đúng quy định tại khoản 3 Điều 20 Luật Báo chí năm 2016.
Mặc dù Tạp chí đã bị Cục Báo chí (Bộ Thông tin và Truyền thông) xử phạt vi phạm hành chính về hành vi thực hiện không đúng tôn chỉ, mục đích vào tháng 6/2022 nhưng Tạp chí vẫn không có chuyển biến, tiếp tục để xảy ra tình trạng đăng tải nhiều tin bài không đúng tôn chỉ mục đích với tỷ lệ rất lớn (chiếm hơn 80% tổng số lượng tin bài, đặc biệt trong tháng 7/2022 tỷ lệ này lên tới 90,26%), trong đó có một số tin bài có nội dung sai sự thật, quy kết tội danh khi chưa có kết luận của tòa án, một số tin bài bị cơ quan chỉ đạo báo chí nhắc nhở, phê bình. Hành vi vi phạm của Tạp chí có mức độ tác động, ảnh hưởng lớn tới xã hội, tới nhiều lĩnh vực, tổ chức, cá nhân, xâm phạm trật tự, hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực báo chí.
Tạp chí đã đăng tải thông tin sai sự thật trong 3 bài viết “Đến TP.HCM du lịch, chàng Tây dạy học rồi giữ xe mưu sinh giữa dịch”, "Người nhiễm nCoV tử vong trong tư thế treo cổ ở cửa hàng vàng bạc"; “Bắt tạm giam You Tuber “Thánh khờ Miền Tây””, là vi phạm quy định tại Khoản 8 Điều 9 Luật Báo chí 2016. Tạp chí đã quy kết tội danh khi chưa có bản án của tòa án đã có hiệu lực pháp luật trong 03 bài viết "Dấu hiệu tội giết người trong vụ cha dùng xăng và rơm đốt chân con"; “Tình tiết định khung cho thanh niên dùng dao tấn công đại úy công an”; “Truy sát 2 người ở tiệm tóc, nghi phạm đối diện hình phạt nào?” là vi phạm quy định tại Khoản 8 Điều 9 Luật Báo chí 2016.
Tạp chí cũng đã thực hiện gỡ nhiều tin, bài nhưng không thông báo rõ ràng, không nêu rõ lý do, thể hiện việc quản lý, kiểm duyệt, biên tập nội dung chưa chặt chẽ, thiếu tôn trọng độc giả, dẫn tới tâm lý hoài nghi trong dư luận xã hội về tính khách quan, trung thực trong hoạt động báo chí và làm ảnh hưởng tới uy tín của Tạp chí. Tạp chí không thực hiện đúng quy định của Luật báo chí về cải chính, xin lỗi: Tạp chí đã không kịp thời đăng cải chính đối với bài viết “Đến TP.HCM du lịch, chàng Tây dạy học rồi giữ xe mưu sinh giữa dịch” là không thực hiện đúng quy định tại điểm a khoản 5 Điều 42 Luật Báo chí trong việc thực hiện cải chính; Tạp chí đặt tiêu đề bài viết là “Cải chính”, đăng tải tin bài cải chính nhưng không đặt trên chuyên mục riêng tại trang chủ là thực hiện không đúng quy định tại điểm a Khoản 3, điểm a Khoản 4 Điều 42 Luật Báo chí 2016. Tạp chí chấp hành không nghiêm chỉ đạo định hướng thông tin của cơ quan có thẩm quyền, mặc dù đã được lưu ý nhắc nhở nhiều lần bằng nhiều hình thức khác nhau, đặc biệt là những vấn đề liên quan đến công tác thông tin đối ngoại, có nguy cơ làm ảnh hưởng tiêu cực đến quan hệ đối ngoại của Việt Nam với các nước.
Tạp chí có dấu hiệu “báo hóa” tạp chí, “tư nhân hóa” trong hoạt động liên kết báo chí nằm trong Tiêu chí nhận diện “báo hóa” tạp chí, “báo hóa” trang thông tin điện tử tổng hợp, “báo hóa” mạng xã hội và biểu hiện “tư nhân hóa” báo chí, được ban hành kèm theo Quyết định số 1418/QĐ-BTTTT ngày 22/7/2022 của Bộ Thông tin và Truyền thông.
