Tư lệnh biên phòng và không quân, hải quân là Ủy viên TW Đảng, là chỉ huy cao nhất của một lực lượng/quân chủng rồi nên lên thẳng Thứ trưởng được, cần gì qua Phó Tổng tham mưu nữa. Thường thì Phó Tư lệnh kiêm TMT các quân chủng sẽ lên Phó Tổng Tham mưu, tức vẫn dưới cơ thủ trưởng cũ (Tư lệnh quân chủng, giờ lên Thứ trưởng) một bậc. Ví dụ như ở Hải quân trước có tướng Bình là Phó Tư lệnh - TMT, sau lên Phó TTM phụ trách hải quân, còn tướng Nam Tư lệnh thì lên Thứ trưởng cũng phụ trách hải quân, tương tự Không quân có tướng Sơn Phó Tư lệnh - TMT lên Phó TTM phụ trách không quân, dưới cơ tướng Vịnh (Tư lệnh lên Thứ trưởng) một bậc. Hai đời Tư lệnh Biên phòng gần nhất (tướng Việt, tướng Chiến) đều là Ủy viên TW Đảng và lên luôn Thứ trưởng, tướng Thái vẫn còn tuổi tái cử TW, đang là Tư lệnh Biên phòng rồi thì còn đi đâu được nữa ? Chỉ có lên luôn Thứ trưởng thôi, chả cần kinh qua Phó Tổng Tham mưu làm gì.