Tháng giêng năm Tân Tỵ, tức năm Sùng Trinh thứ 14 (1641), Lý Tự Thành vây hãm Lạc Dương, Phúc vương phải trốn vào một ngôi chùa tên là Nghênh Ân tự nhưng lại bị phát hiện và giết hại, cung quyến nội quan hơn trăm người trong phủ đều tự sát hoặc bị hành quyết. Chỉ có Chu Do Tung, con trưởng của ông ta thoát được, về sau lên ngôi Hoàng đế nhà Nam Minh.
Nhiều sử sách ghi lại, xác của Chu Thường Tuân bị xẻo thành nhiều mảnh rồi đem nấu với một con hươu sao, gọi là Phúc lộc yến.