Theo cơ quan điều tra, quá trình thu thập hồ sơ, tài liệu liên quan đến vụ án Đỗ Ngọc Hà cùng đồng phạm về các tội "tổ chức đánh bạc" và "đánh bạc", cơ quan chức năng phát hiện nhiều dấu hiệu bất thường trong hồ sơ vụ án.
Cụ thể, có hai bản kết luận điều tra vụ án hình sự cùng số, cùng ngày tháng năm ban hành nhưng nội dung khác nhau về hành vi đánh bạc. Số tiền đánh bạc giữa hai tài liệu này chênh lệch hơn 89 tỉ đồng. Khoản tiền chênh lệch này cũng không được hội đồng xét xử tuyên tịch thu sung công quỹ nhà nước.