1. Về dòng cha (Y-DNA):
Sự phân tách O1 (Bách Việt) và O2 (Hoa Hạ) Nhiễm sắc thể Y di truyền từ cha sang con trai là thước đo chính xác nhất để phân định nguồn gốc bộ tộc.
Người Kinh và Hà Mỗ Độ: Thống trị bởi Haplogroup O1. Trong đó, cư dân cổ Hà Mỗ Độ sở hữu tỷ lệ rất cao nhóm O1a-M119. Tại Việt Nam, các nghiên cứu di truyền học (như nghiên cứu công bố trên Vietnam Journal of Biotechnology) ghi nhận nhóm dòng cha O1a này xuất hiện với tần suất áp đảo ở nam giới người Kinh (có nghiên cứu ghi nhận lên tới 62.9%). Dòng cha còn lại của người Kinh là O1b-M95, nhánh đặc trưng của ngữ hệ Nam Á.
Người Hoa Hạ (Hán): Thống trị bởi Haplogroup O2-M122 (mã cũ là O3). Bản đồ gene Trung Quốc chỉ ra rằng O2-M122 là cốt lõi di truyền của những người nông dân trồng kê ở lưu vực sông Hoàng Hà. Nhóm gen O2 này chiếm hơn 50% - 60% trong quần thể người Hán hiện đại và giảm dần khi đi về phía nam.
2. Về dòng mẹ (mtDNA):
Phương Nam ấm áp vs Phương Bắc lạnh giá DNA ty thể di truyền qua dòng mẹ cho thấy hai nguồn gốc sinh thái hoàn toàn khác biệt:
Người Kinh và Hà Mỗ Độ (Khối phương Nam): Thống trị bởi các nhóm gen B, F, M7, R9. Theo dữ liệu tổng hợp từ Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ (PMC), ở nhóm Hán phương Nam, các nhóm gen này chiếm khoảng 51.91%. Riêng ở người Kinh Việt Nam, các nhóm gen phương Nam này cộng gộp lại chiếm tới 70% - 80% cấu trúc di truyền dòng mẹ (trong đó nhánh F1a và B5a chiếm tỷ lệ cao nhất).
Người Hoa Hạ (Khối phương Bắc): Thống trị bởi các nhóm gen A, C, D, G, M8, M9, Z. Đây là những nhóm gen có nguồn gốc từ vùng khí hậu lạnh, gắn liền với cư dân du mục Bắc Á và Siberia. Ở người Hán phương Bắc, các nhóm gen này chiếm từ 52.7% đến hơn 70%. Ngược lại, ở người Kinh Việt Nam, các nhóm gen Bắc Á này xuất hiện rải rác dưới dạng thiểu số (thường dưới 5% tổng quần thể).