Qua thực hiện điều tra, đánh giá tác động của việc chuyển nước từ sông Ba sang sông Côn đến đời sống của người dân vùng hạ du, đề tài đã phát hiện hiện tượng suy giảm mực nước dưới đất trong các lỗ khoan ở những khu vực nằm dưới đập thủy điện. Cụ thể mức nước đều bị hạ thấp dần từ năm 2012 và 2013 đến nay do lượng nước bổ cập từ sông Ba vào các tầng chứa nước dưới đất giảm. Đây được xem là biểu hiện suy giảm trữ lượng của các tầng chứa nước trong khu vực do ảnh hưởng của việc ngăn dòng tích nước và chuyển nước sang sông Côn của công trình thủy điện An Khê – Kanak.
Việc chuyển nước từ sông Ba sang lưu vực khác đã dẫn đến tình trạng thiếu hụt tài nguyên nước vào mùa khô, đặc biệt trong những năm có hiện tượng El Nino, ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống của hàng vạn người dân ở hạ du. Sự thiếu hụt đó được thể hiện qua kết quả đo đạc lưu lượng dòng chảy tại hồ Kanak vào những tháng mùa kiệt từ năm 2011 đến nay rất thấp Q=0,15m3/s (tháng 04/2013) và Q=0,03m3/s (tháng 06/2017). Với lượng dòng chảy này, dân cư trong vùng hạ lưu Hồ Kanak và Hồ An Khê thiếu nước cho canh tác nông nghiệp, cho phát triển công nghiệp, cả cấp nước dân sinh, dẫn đến khó khăn trong sản xuất và đời sống của hàng chục ngàn dân trong khu vực. Hơn nữa, trong những năm qua người dân vùng hạ du của công trình thuỷ điện An Khê – Kanak đã phải chịu hậu quả cho sự vận hành không hợp lý trong mùa lũ. Những trận lũ trong những năm 2011, 2013, 2016 đã gây cho dân cư trong khu vực thiệt hại hàng vài chục tỷ đồng.