Nước Mỹ huy động 350.000 lính chiếm đóng đất Nhật nhằm bảo đảm sự tuân thủ các điều kiện đầu hàng. Lính Mỹ đã tiến hành giải thoát tù binh, sa thải toàn bộ viên chức chính quyền quân phiệt, tước vũ khí và giải tán quân đội Nhật, buộc toàn bộ hơn 7 triệu lính Nhật trở về gia đình. Hai Bộ Lục quân và Hải quân Nhật bị bãi bỏ, tất cả đạn dược và vũ khí, thiết bị quân sự bị phá hủy. Công nghiệp quân sự chuyển sang sản xuất hàng dân dụng.
MacArthur tự mình đưa ra hai quyết định quan trọng: giữ lại Thiên Hoàng Nhật, và trừng trị các tội phạm chiến tranh Nhật. Với quyết định thứ nhất, ông đã chống lại sức ép mạnh mẽ từ trong nước và từ các nước Đồng minh đòi xử tử đầu sỏ tội phạm chiến tranh Hirohito và thủ tiêu chế độ Thiên Hoàng. Tuy rằng bản thân Hirohito cũng tự nhận chịu toàn bộ trách nhiệm về cuộc chiến tranh Thái Bình Dương, nhưng MacArthur cho rằng Thiên Hoàng là biểu tượng sống của nước Nhật, biểu tượng sự ổn định và hòa hợp của người Nhật, nếu không có Thiên Hoàng thì dân tộc này sẽ hỗn loạn, các phe phái sẽ tranh giành quyền lực, gây mất ổn định chính trị, tàn binh Nhật sẽ tổ chức đánh du kích chống lại quân chiếm đóng. Quan điểm này về sau đã được chứng minh là đúng. Dân Nhật có truyền thống tuyệt đối nghiêm chỉnh chấp hành lời Thiên Hoàng, họ không hề có hành động nào chống lại quân chiếm đóng.
MacArthur và Thiên Hoàng Hirohito gặp nhau tất cả 11 lần, Hirohito đều tiếp thu các chủ trương của MacArthur về quản trị nước Nhật. Ngày 1/1/1946, Hirohito đọc bản
Tuyên ngôn Nhân gian (Ningen-sengen) trên đài truyền thanh, lần đầu tiên trong lịch sử tuyên bố Thiên Hoàng chỉ là người thường, không phải thần thánh, nghĩa là chấp nhận từ bỏ địa vị nắm quyền tối cao của quốc gia. Như vậy MacArthur là người lãnh đạo cao nhất nước Nhật.
Thi hành quyết định thứ hai, các quan tòa người Mỹ đã tổ chức xét xử tội ác chiến tranh, phát hiện hơn 4.200 quan chức Nhật có tội, trong đó 700 tội phạm nặng nhất bị kết án tử hình. Ngoài ra 186 nghìn nhân vật công chúng (public figures) bị thanh trừng. 28 quan chức chính phủ và sĩ quan cấp cao bị đưa ra Tòa án Quân sự Quốc tế vùng Viễn đông họp ở Tokyo, trong đó 25 người bị tuyên án có tội, 7 người bị kết án tử hình.
Sau khi đến Nhật, MacArthur lập tức ra lệnh cấm quân đội Đồng minh tấn công người Nhât và dùng lương thực thực phẩm của Nhật. Ông yêu cầu Chính phủ Mỹ viện trợ khẩn cấp lương thực thực phẩm cho Nhật để ngăn ngừa nạn đói và rối loạn chính trị. Sau chiến tranh, nước này chỉ còn là đống tro tàn. 9 triệu người không có nhà ở, 13 triệu người thất nghiệp. Bộ Tài chính Nhật báo cáo có 10 triệu dân bị đói. Đường phố đầy người ăn xin, phần lớn là lính giải ngũ và người tàn tật. Khẩu phần ăn của mỗi viên chức chỉ bằng một nửa so với tiêu chuẩn 2.200 calorie/ngày. Đã thế mùa màng năm 1945 lại xấu nhất trong 30 năm. Giá lương thực đắt gấp 7,5 lần. MacArthur lập tức tìm mọi cách cứu đói. Ngay từ cuối năm 1945 ông sửa lại kế hoạch đưa quân đội Mỹ đến chiếm đóng Nhật, giảm bớt 200.000 người, lấy số lương thực dôi ra để giúp dân Nhật. Năm 1946, ông đề nghị Chính phủ Mỹ viện trợ không hoàn lại cho Nhật 330 triệu USD; năm 1947 – 297 triệu USD. Quốc hội Mỹ đáp ứng mọi yêu cầu cứu đói dân Nhật do MacArthur nêu ra. Nhờ đó tới năm 1948, công chức Nhật đã được hưởng khẩu phần 2.000 calorie/ngày. Năm 1949, dự trữ lương thực từ số không lên tới 3 triệu tấn. Sản lượng gạo năm 1950 đạt 9,5 triệu tấn. Chính phủ Nhật dự định từ 4/1951 sẽ bỏ chế độ tem phiếu lương thực, nhưng sau đó phải hoãn lại, vì chiến tranh Triều Tiên bất ngờ có thay đổi do Trung Quốc đưa quân vào Triều Tiên tham chiến.
MacArthur chủ trương xây dựng tại Nhật một chế độ dân chủ kiểu Mỹ. Ông từng nói: Xét theo tiêu chuẩn hiện đại, nước Nhật là “một bé trai 12 tuổi” (a boy of 12), cần được dẫn dắt tiến lên chế độ dân chủ và chế độ tư bản phương Tây. Một trong những việc đầu tiên ông làm sau khi đến nước này là tịch thu 5 triệu thanh kiếm Nhật – biểu tượng tinh thần thượng võ của samurai (võ sĩ), từng bị bọn quân phiệt Nhật lợi dụng để gây chiến tranh. Ông ra lệnh bãi bỏ Thần đạo nhà nước (State Shinto) tức quốc giáo của nước Nhật, tôn giáo từng được bọn quân phiệt lợi dụng để phục vụ chiến tranh xâm lược, tuy vẫn cho các tôn giáo khác hoạt động. Ngày 4/10/1945, ông ra lệnh thả hết tù chính trị, kể cả tù ******** Nhật, cho dù Mỹ là nước chống chủ nghĩa ********.
Đồng thời với việc tiệu diệt tận gốc cơ sở của chủ nghĩa quân phiệt Nhật, MacArthur đã phát động cuộc cải cách dân chủ hóa nước Nhật toàn diện về các mặt chính trị, kinh tế và giáo dục, khởi đầu bằng việc sửa đổi Hiến pháp.
Ngay từ tháng 7/1945, khi Mỹ, Anh và Trung Hoa Dân quốc bàn về các điều kiện đầu hàng của Nhật, MacArthur đã đề xuất Nhật phải sửa đổi Hiến pháp Minh Trị (ban hành năm 1889) nhằm thực hiện dân chủ hóa nước này. Tháng 10/1945 ông chỉ thị Chính phủ Nhật tiến hành việc đó. Tháng 2/1946 phía Nhật đưa ra dự thảo Hiến pháp, nhưng MacArthur không chấp nhận. Ông lập một Hội đồng gồm 25 người Mỹ và yêu cầu trong vòng một tuần phải dự thảo xong Hiến pháp mới, tức xong trước ngày họp các nước Đồng minh (26/2/1946), như vậy nước ngoài sẽ không thể can thiệp nội trị Nhật.
Hiến pháp mới thể hiện đầy đủ quan điểm tự do dân chủ và nguyên tắc tam quyền phân lập. Thiên Hoàng bị tước bỏ địa vị nắm quyền tối cao của quốc gia, chỉ còn là “Tượng trưng của quốc gia Nhật, của khối thống nhất quốc dân Nhật; địa vị của Thiên Hoàng dựa vào ý chí của toàn dân”. Việc cải cách triệt để chế độ Thiên Hoàng đã quét sạch chủ nghĩa độc tài chuyên chế phong kiến và đánh sập trụ cột tinh thần của chủ nghĩa phát xít Nhật.
Chương II quan trọng nhất chỉ có một điều khoản (Điều 9) ghi rõ: Nhân dân Nhật vĩnh viễn từ bỏ chiến tranh, vĩnh viễn không sử dụng vũ lực hay đe dọa vũ lực trong việc giải quyết các tranh chấp quốc tế. Nhằm mục đích đó, nước Nhật sẽ không duy trì lục quân, hải quân, không quân cũng như các tiềm năng chiến tranh khác, không công nhận quyền tuyên chiến của quốc gia có chủ quyền.
Chế độ Nghị viện được cải cách theo hướng dân chủ hóa: Quốc hội gồm Thượng viện và Hạ viện, thành viên Quốc hội là do công dân đủ 20 tuổi trực tiếp bỏ phiếu bầu ra. Thiên Hoàng và quân đội không còn có quyền can thiệp vào công việc của Quốc hội. Thủ tướng Chính phủ do Quốc hội chỉ định, do lãnh tụ chính đảng giành nhiều phiếu nhất trong Quốc hội đảm nhiệm. Quân nhân chuyên nghiệp không được tham gia Chính phủ. Chế độ tập trung quyền lực được thay bằng chế độ địa phương tự trị. Quyền tư pháp không còn tập trung vào Thiên Hoàng như trước mà thuộc về Tòa án Tối cao và Tòa án các cấp, mở rộng tính độc lập của các cơ quan tư pháp. Các điều 10~40 của Hiến pháp mới quy định quyền lợi và nghĩa vụ công dân; phụ nữ trước đây có địa vị cực thấp trong xã hội nay được hoàn toàn bình đẳng với nam giới.
Ngày 10/4/1946, nước Nhật tổ chức tổng tuyển cử, bầu ra Chính phủ đầu tiên. Thiên Hoàng
Hirohito và đại đa số dân Nhật ủng hộ Hiến pháp mới. Ngày 3/11/1946 Hirohito công bố Hiến pháp này trước Nghị viện. Từ 3/5/1947 bắt đầu thực thi Hiến pháp mới, đánh dấu thắng lợi của công cuộc cải cách chính trị.
Về giáo dục, MacArthur chỉ thị loại bỏ tư tưởng quân phiệt ra khỏi hệ thống trường học, cấm tuyên truyền giáo dục Thần đạo, phải dạy học sinh học tinh thần dân chủ chứ không dạy sùng bái nhà vua, cấm dạy tinh thần Võ Sĩ Đạo (Bushido). Luật Cơ bản về giáo dục ban hành ngày 31/3/1947 cải cách thể chế hành chính giáo dục tập trung quyền lực vào trung ương, thực hành chế độ phân quyền địa phương, Ủy ban Giáo dục các cấp do dân bầu ra sẽ phụ trách công việc hành chính trong công tác giáo dục của địa phương. Hệ thống giáo dục theo kiểu Mỹ này đã đào tạo ra những người trẻ tuổi có tư tưởng tự do dân chủ, căm ghét tư tưởng quân phiệt Nhật và ủng hộ Mỹ.
Đồng thời MacArthur tiến hành các cải cách kinh tế mạnh dạn, như cải cách ruộng đất, tổ chức lại các công đoàn, ủng hộ quyền bãi công của công nhân, tái cơ cấu các tập đoàn tư bản tài chính-công nghiệp. Công cuộc tái phân phối ruộng đất do MacArthur tổ chức được coi là hình mẫu cải cách ruộng đất thành công nhất thế giới, chính ông cũng nói đây là thành tích lớn nhất trong sự nghiệp làm chính trị của mình. Theo chỉ thị của ông, Chính phủ Nhật ban hành Luật Cải cách ruộng đất, lần thứ nhất ngày 28/12/1945, lần thứ hai ngày 21/10/1946. Các chủ đất buộc phải bán cho nhà nước theo giá quy định tất cả số ruộng đất họ không tự cày cấy, sau đó nhà nước bán lại cho nông dân chưa có đất, ưu tiên cho người đang cày thuê mảnh đất đó. Cuộc cải cách này tiến hành rất quyết liệt và triệt để, kết quả toàn bộ người cày đều có ruộng, nước Nhật thực sự không còn tầng lớp địa chủ nữa, tức không còn cơ sở của chế độ phong kiến.
Nền công nghiệp Nhật trước đây tập trung vào tay các
zaibatsu (tập đoàn tài phiệt gia tộc) nhằm phục vụ chính sách xâm lược của quân phiệt Nhật. MacArthur chủ trương giải thể các zaibatsu. Bước đầu, hai zaibatsu lớn nhất là Mitsubishi và Sumimoto bị chia thành nhiều công ty cổ phần nhỏ, 56 người là gia tộc tài phiệt của 10 zaibatsu lớn bị chỉ đích danh và buộc phải nộp hơn 160 triệu cổ phiếu trị giá hơn 7,57 tỷ Yên. Bước hai, ông chỉ thị Chính phủ Nhật ban hành Luật Cấm độc quyền và lập Ủy ban Kinh doanh công bằng, nhằm ngăn chặn sự phục hồi tư bản độc quyền.
Thông thường dân nước bại trận rất sợ quân đội nước thắng trận sẽ có những hành động trả thù. Khi chuẩn bị đón lính Mỹ tới chiếm đóng, chính quyền Nhật đã lập nhiều nhà thổ, tập trung gái điếm để “phục vụ” lính Mỹ, nhằm tránh xảy ra nạn lính Mỹ cưỡng bức phụ nữ Nhật. Nhiều cô gái Nhật cắt tóc ngắn giả làm con trai, có cô mang theo thuốc độc để tự tử khi bị cưỡng bức… Thế nhưng phụ nữ Nhật đã không phải lo sợ. MacArthur chỉ thị lính Mỹ phải tôn trọng dân bản xứ, ví dụ phải bỏ giày khi vào nhà, giúp đỡ các trẻ em thiếu ăn, nhường đường cho họ v.v… Vì thế người Nhật từ chỗ e sợ trở nên quý mến người Mỹ, chỉ sau 6 tháng đổ bộ lên đất Nhật, lính Mỹ ra đường không cần mang vũ khí tự vệ nữa. Và khi chiến tranh Triều Tiên nổ ra, MacArthur đã có thể yên tâm rút phần lớn quân đội Mỹ chiếm đóng Nhật sang mặt trận Triều Tiên chiến đấu trong lực lượng Liên Hợp Quốc do ông chỉ huy chống lại Bắc Triều Tiên.
MacArthur chưa hề đi hết nước Nhật, ông rất ít gặp người Nhật, chỉ tiếp xúc với một số quan chức Nhật cấp cao, thế nhưng đông đảo dân Nhật có thiện cảm với ông tới mức say mê, tôn kính ông như tôn kính Thiên Hoàng, coi ông là cứu tinh của nước Nhật. Họ gửi tặng ông vô số quà biếu và lời mời. Cách thể hiện tình cảm thú vị nhất là họ viết thư cho ông. Tổng cộng MacArthur đã nhận được khoảng nửa triệu bức thư từ dân chúng Nhật. Nhiều người cảm ơn chính sách rộng lượng của MacArthur và nước Mỹ. Có thư tố cáo những tên phát xít còn ẩn náu trong dân. Nhà văn Nhật Sodei Rinjiro từng viết cuốn sách có tên “
Tướng MacArthur thân mến: Những bức thư gửi từ người Nhật trong thời gian Mỹ chiếm đóng” (xuất bản 2001). Sodei đã đọc hơn 10 nghìn thư, và trích đăng vào cuốn sách của mình 120 bức thư thú vị và quan trọng.
Người Nhật thích MacArthur vì ông đã giải thoát họ khỏi chiến tranh, đói nghèo, khỏi ách áp bức của chế độ chính trị chuyên chế Nhật, cũng như khỏi tâm trạng chán chường thất vọng. Dưới sự chỉ huy của MacArthur, đội quân chiếm đóng Nhật trở thành đội quân giải phóng nhân dân Nhật. Trước và trong chiến tranh, người Nhật sống dưới ách cùm kẹp của bọn quân phiệt. Hệ thống cảnh sát quân sự Kampeitai [còn viết Kenpeitai, tức
Hiến binh đội, thành lập năm 1881] theo dõi thái độ chính trị của từng người, chúng không cho dân được nói ý kiến của mình, bỏ tù hoặc giết bất cứ ai dám có ý kiến khác với chính quyền hoặc không ủng hộ các nỗ lực chiến tranh. Vì thế khi SCAP ban hành các sắc lệnh thủ tiêu mọi sự hạn chế quyền lợi của dân chúng, người Nhật vô cùng cảm động, phấn khởi và biết ơn người Mỹ. Ngay từ tháng 10/1945, MacArthur đã tuyên bố toàn dân Nhật có quyền tự do phát ngôn và hội họp. Ông ra lệnh cho Thủ tướng Nhật mở rộng quyền của các công đoàn, trao cho phụ nữ quyền tự do ngôn luận và bầu cử.
Nhiều sử gia cho rằng việc đưa nước Nhật đi từ chế độ quân phiệt phong kiến lên chế độ dân chủ hiện đại là công trạng lớn nhất của MacArthur, lớn hơn bất cứ chiến công nào ông từng lập được trên các chiến trường Thế chiến I, II và chiến tranh Triều Tiên. Bản thân MacArthur cũng tự coi ông là người mở cửa nước Nhật lần thứ hai, hơn là một người chinh phục quốc gia này.
Khảng khái giúp đỡ nhân dân nước thù địch bại trận là một chính sách sáng suốt đã đem lại cho nước Mỹ thiện cảm của nhiều người. Phát xít Nhật là kẻ thù tàn bạo nhất, gây ra nhiều thiệt hại nhất cho nước Mỹ trong Thế chiến II. Nhật không tuyên chiến mà hèn hạ đánh trộm Trân Châu Cảng (Pearl Harbor), làm hơn 3.000 người Mỹ thương vong, gây ra cuộc chiến tranh Thái Bình Dương tàn khốc. Lính Nhật đã tra tấn, hành hạ đến chết nhiều tù binh Đồng minh, tội ác của chúng khiến dân Mỹ kinh tởm…. Vì thế tướng MacArthur đã phải chịu sức ép lớn từ trong nước khi ông yêu cầu nước mình viện trợ lương thực cứu đói nước Nhật. Nhờ MacArthur có uy tín cá nhân rất cao trong nhân dân Mỹ, các yêu cầu của ông đã được chấp nhận. Sự viện trợ to lớn, hào hiệp của nước Mỹ đã giúp người Nhật thoát khỏi tình cảnh vô cùng khó khăn, nhanh chóng phục hồi nền kinh tế bị tàn phá nặng nề. Ngay từ ngày mới đến Nhật, MacArthur từng chân thành thổ lộ ý muốn biến nước Nhật thành một Thụy Sĩ phương Đông. Chiến tranh Triều Tiên (1950-1953) là thời cơ có một không hai giúp kinh tế Nhật cất cánh. Sản xuất công nghiệp tăng vọt do nhận được những đơn đặt hàng khổng lồ của quân đội Mỹ. Rốt cuộc nước Nhật thù địch trở thành siêu cường kinh tế thứ hai thế giới và đồng minh trung thành của Mỹ.
MacArthur một mình cai trị toàn diện nước Nhật bại trận trong gần 6 năm, bỏ ngoài tai mọi ý kiến bất đồng của các nghị sĩ và quan chức Mỹ; người ta gọi ông là “
nhà độc tài thần thánh” (Godlike dictator). Nhưng nhà độc tài ấy được đông đảo dân Nhật thực sự tôn kính với lòng biết ơn sâu sắc. Có phụ nữ Nhật viết thư xin được sinh con với ông. Khi MacArthur tranh cử Tổng thống Mỹ năm 1948, người Nhật ủng hộ ông mạnh nhất. Ngày ông trở về Mỹ, hàng trăm nghìn người Nhật kéo nhau ra đường đưa tiễn, hô vang “
Đại nguyên soái”, nhiều người nước mắt ròng ròng.